1962年，正(zhèng )值台湾(📒)白色恐怖时期，当时中国国民(mín )党领导(dǎo )的蒋中正政(🆖)府以防(🛤)止共产主义渗透(🥩)等理由颁布台(👋)湾省戒(🎏)严令，路上举目(🚤)皆是反共标语，国民党政府亦鼓励人民告密检举匪谍，并严(yán )禁私自结(jié )党。同时(✖)为了(le )管制言论思(sī )想，中华(🐖)民国政府将许多书籍列为禁(jìn )书，禁书类别甚广且认定标准不一，例如诺贝尔文学(xué )奖得主诗人(🌞)泰戈尔的《飘(piāo )鸟集》[注 1]即是其一。但在这样的高压环境下，仍有(yǒu )许多人在台湾各个角落暗中举(💹)办(💔)读书会，追寻自由。
台风夜，翠华中学三年级的方芮欣在昏暗的教室醒来，在寻找张明晖老师的途中遇到了二年级的学弟魏仲廷，两人(rén )(👄)走到校门口(kǒu )却发现溪水暴涨，于是回(👛)到校园中继续找寻张老师。但学校渺无人迹，校舍中贴满(🚩)了台湾省政府查封的封条与(🐈)台湾丧葬的示丧纸“忌中”。他们发现(✒)事(💨)件并不单纯，并逐渐想起过去所发生的悲剧。
翠华中学美术老师兼任辅导教师张明晖在校内储藏(👧)室创办了读书会阅读禁书、(🎆)成员包括音乐(🏉)老师殷翠涵、学生魏仲(zhòng )廷等人。另一方面方芮欣因为家庭失和使学业成绩受到影响，殷翠涵便引介她给张明晖，希(xī )望张明晖能辅(🙂)导方芮欣走(zǒu )出低潮，孰料在密切的心理辅导之(zhī )下，方(fāng )芮欣与张明(míng )晖意(yì )外产生了师生恋，张明晖并亲手做(🍑)了一条白鹿(lù )项链(🛺)赠与方芮欣。
一(🎦)日早晨，方(fāng )芮欣的母亲李妙子怀疑(yí )丈夫方道勤有(🈵)外(wài )遇，却遭到方道勤家暴，情绪失控的李妙(➗)子不断念佛，并向菩萨(🏽)许下希望方道勤消失的愿望。方芮欣到校后，先前因压力过大而在《校史》中的历任校长肖像上涂(tú )鸦一事，被负责管理秩序兼任校园思想控制的军训教官白国锋知道，白教官希望方芮欣不要给她(tā )即将升官的父亲添麻烦，并表明有任何问题可以找教官商量。朝会(🎷)升旗典礼(lǐ )时，教师黄又新因涉及“颠覆国家”罪嫌，被中华民国宪兵当众拘(jū )捕(bǔ )，引起骚动，也使白教官对校内所有老师展开调(diào )查。当晚，方(fāng )芮欣与(yǔ )张明晖两人在(🏽)校外幽会，方芮欣(xīn )在纸(zhǐ )上画(📘)出琴键，教他弹奏《雨夜(🈶)花》。方芮欣返家后，发现父亲(❤)遭宪兵(bīng )队逮(dǎi )捕，父亲要方芮欣让母亲(🖱)通知白教官(guān )，在(🛵)他离开(kāi )后，方芮欣才(😙)知(👫)道(💝)父亲之所以被捕，正是因为母亲的检举。
几日后，殷翠涵注(🚽)意到张(zhāng )明晖和方芮欣(🤯)过从甚密，提醒他应该谨言慎行，以免让(🐬)方芮欣陷入危险，不久，张明晖就(jiù )跟方芮欣提出分手，方芮欣因偷听到殷翠涵与张(🔡)明晖的对话，误(👶)以为(✉)是殷翠涵对张明晖也有爱意，想要拆散自己跟张明晖(huī )。方芮欣一(yī )来希望白教官(guān )救回父亲，二更希望“情敌”殷翠涵因阅读(dú )禁书而遭校方解聘，便利用对(🥛)自(📢)己有好感的魏(👚)仲廷，取得读书(🚸)会的证据并向(xiàng )白国锋检举。白国锋并未对方芮欣的要求有具(jù )体承诺，只说：“国家会感谢你的。”
台湾警备总司令部派员到(dào )校，包括张明晖在内的所有读书会(huì )成员皆被拘捕，有的被处决，有的死于刑求，连借储藏室钥匙给读书会的工友也被(🥑)虐杀。张明晖在(zài )临刑前嘱咐魏仲廷要活下去，记住这一切有多(duō )得来不易，因为自由终会来临。之后张明晖被依叛乱罪枪决，魏仲(🕖)廷听从建议，招供以保住性命；方芮欣则因愧疚难耐，在(zài )礼堂舞台上自(zì )缢身亡，以死向枉死孤魂谢罪。开头中的魏(🔝)仲廷和方芮欣所在的翠华中学是(⏯)处于阴间(jiān )地府似的(de )空间，充满着阴间地府的鬼物；俩人其实是以灵魂的(de )状态困在此空间。恢复记忆，发现(🧑)事实真(zhēn )相的方(🌒)芮欣决(🖌)定拯救被阴间鬼魂抓捕的魏仲廷，让他重返(🤟)阳(🏁)间以让在(💡)阳间监狱里垂死的魏仲廷恢复生机(jī )。
多年后，魏仲廷因解严(🏂)而赦免出狱，他克服了恐惧，到张明晖的坟上祭扫后“返校”，到即将拆除的翠华(💄)中学，将张明晖的(de )绝(🎬)笔信与定情之物白鹿项链，交给了方芮欣(xīn )的灵魂，并向她(tā )表示他(😼)会永远记得(📈)方(🌐)芮欣。