ある日、沖縄の海に奇怪な生物が現れた。オニヒトデを思わせる「それ(🛤)」は毒液で漁師を負傷させ、瞬く間(jiān )に日本全域に広がった。それは伝説(🗄)のニライカナイの古代文明が環(🚥)境汚染(rǎn )の解決の為(🗑)の生(🍮)体(✖)浄化システムとして生み出し(🔊)たが、暴(bào )走したために結果(guǒ )としてニライカナ(🦗)イの滅(🌊)亡の一因となった怪獣ダガーラの復活(huó )の前兆であった。
エリアス姉妹は地球の危機(jī )を察知して石垣島へ飛ぶと、そこにはニライカ(👊)ナイから(🐾)来た小生物ゴーゴが出現し、その尾の装飾リングから宝が(💿)ある事(🈺)を悟った本土からの密猟者と、ゴーゴを保(🍽)護した地(dì )元の少女たちがいた。エリアス姉妹は「ニラ(🍁)イカナイの遺跡にはダガーラを倒す秘宝がある」という伝説を知っていた。少女た(👅)ちとエリアス姉妹、そして姉妹(mèi )と対立する黒い妖精ベルベラと密猟者(zhě )はそれぞれ組んで(🌒)海(hǎi )へ出る。
ゴーゴの手引きで(♈)ニライ(😄)カナイの遺跡で(👧)あるピラミッ(📸)ドが海から出現した。だが、宝(📳)捜(sōu )しをしている頃(qǐng )、石垣島にダガーラが上(shàng )陸し暴れ出したため、エリアス姉妹はモスラを召喚して戦い(💦)を挑む。ダガーラとモ(🌥)スラは(🥘)石垣島から西表島まで空中戦を繰り広げ、遺跡のピラミッド付近で海中戦となり、モスラは海での戦(🎁)いを得(dé )意とするダガーラに海に引きずり込まれた。そし(💱)てダガーラは「それ」 = 無数のベーレムをモスラ(🔄)に取り付かせ、モスラは戦闘不能に陥った。エリア(🐖)スは必死にモスラに取り付いたベーレムを剥がそうと試みるが、あまりにも沢山付いているため、全くきりがない。絶体絶命のピン(🧢)チに陥ったモスラ、宝の発見(jiàn )は急務となった。
遺(🥗)跡(🔹)の中のト(🀄)ラップをくぐり抜けた少女たちと密猟者は、辿りついたホールでニライ(🛹)カナイの王女の立体映(yìng )像から「ゴー(🧜)ゴ(🔢)が宝の主として少女 = 汐里を選(xuǎn )んだ」事を告げられる。だが、ダガーラはピラミッドを襲撃してきた! 崩壊するピラミッドの最中、モスラはゴーゴの「命の水」の力によ(👓)り、取り付いたベーレムは取り払われ、さらにレインボーモスラとなってパワーア(👵)ップし、再びダガーラと再戦する。さっきまでの状況とは一変し、今度は(🤯)モスラが優位に立った(📪)。ダガーラが再び海中(🕕)に潜った時、モスラはアクアモスラに変身し、戦いの舞台は、海底に移った。ダガーラの攻(gōng )撃をバリアーでガードし、ダガー(🕠)ラに強(🕥)力な攻撃を与えるモスラ。さら(👊)に分身モー(😂)ドとなり、ダガーラの体内から、ベーレムを倒しな(💬)がら攻撃し、遂にダガーラは倒れ、その後、ピラミッドと共に消滅。モスラも海から出て(🦏)き(🕦)た後、元の姿のレインボーモスラに戻り、イ(🎰)ンファント(📕)島(⏳)に帰って行き、危機は去ったの(🔜)であった。